大运河遗产保护管理办公室，前身为大运河联合申报世界文化遗产办公室。在大运河申遗工作启动之初，为寻求适当的保护与申遗路径，建立有效的工作机制，以保证大运河保护与申报世界文化遗产工作有序开展，经过国家文物局与大运河有关城市征求意见，决定明确大运河申遗牵头城市。鉴于扬州与大运河的深厚历史渊源及其对中国经济、文化发展所做出的重要贡献，2007年9月，国家文物局确定由扬州市作为大运河申报世界文化遗产的牵头城市，并在扬州成立中国大运河联合申报世界文化遗产办公室，以这样的协调机构，带动大运河沿线相关城市建立运河遗产保护管理合作、协商和对话机制。

　　2014年，由扬州牵头申报的大运河成功登录《世界遗产名录》。此后，为切实履行对世界遗产组织的承诺，按照世界遗产标准和要求保护管理好运河遗产，参照国内其他地区世界遗产申报成功后的通行做法，经国家文物局同意，大运河保护与申遗城市联盟更名为大运河遗产保护与管理联盟，联盟办公室仍设在扬州。同时将大运河联合申报世界文化遗产办公室更名为大运河遗产保护管理办公室，主要职能为协调、组织、实施大运河全线遗产保护管理工作。